Η βασική αρχή της οικολογίας είναι ότι κάθε ζωντανός οργανισμός έχει μια προοδευτική και συνεχόμενη σχέση με κάθε άλλο στοιχείο που απαρτίζει το περιβάλλον του. Ως οικοσύστημα μπορεί να οριστεί κάθε τοποθεσία στην οποία υπάρχουν αλληλεπιδράσεις μεταξύ των οργανισμών και του περιβάλλοντος.
Το οικοσύστημα αποτελείται απο δύο τμήματα, το τμήμα της ζωής (ονομάζεται βιοκοινότητα (biocoenosis)) και το περιβάλλον στο οποίο υπάρχει αυτή η ζωή (ο βιότοπος). Στο οικοσύστημα, τα είδη συνδέονται και εξαρτώνται μεταξύ τους μέσω τροφικών αλυσίδων, ανταλλάσσοντας ενέργεια και ύλη μεταξύ τους αλλά και με το περιβάλλον στο οποίο ζουν (βλέπε παραγωγοί, καταναλωτές).
Η έννοια ενός οικοσυστήματος μπορεί να απευθύνεται σε μονάδες διαφόρων διαστάσεων, όπως είναι μια λιμνούλα, ένα χωράφι, ή ένα κομμάτι νεκρού δέντρου. Η μονάδα μικρότερων τμημάτων ονομάζεται μικροοικοσύστημα. Για παράδειγμα, ένα οικοσύστημα μπορεί να είναι μία πέτρα και η ζωή που υπάρχει κάτω από αυτήν. Ένα μεσοοικοσύστημα μπορεί να είναι ένα δάσος, και ένα μακροοικοσύστημα μια ολόκληρη οικοπεριοχή με τη λεκάνη απορροής της.
Οι κύριες απορίες όταν μελετάμε οικοσυστήματα είναι:
Το οικοσύστημα αποτελείται απο δύο τμήματα, το τμήμα της ζωής (ονομάζεται βιοκοινότητα (biocoenosis)) και το περιβάλλον στο οποίο υπάρχει αυτή η ζωή (ο βιότοπος). Στο οικοσύστημα, τα είδη συνδέονται και εξαρτώνται μεταξύ τους μέσω τροφικών αλυσίδων, ανταλλάσσοντας ενέργεια και ύλη μεταξύ τους αλλά και με το περιβάλλον στο οποίο ζουν (βλέπε παραγωγοί, καταναλωτές).
Η έννοια ενός οικοσυστήματος μπορεί να απευθύνεται σε μονάδες διαφόρων διαστάσεων, όπως είναι μια λιμνούλα, ένα χωράφι, ή ένα κομμάτι νεκρού δέντρου. Η μονάδα μικρότερων τμημάτων ονομάζεται μικροοικοσύστημα. Για παράδειγμα, ένα οικοσύστημα μπορεί να είναι μία πέτρα και η ζωή που υπάρχει κάτω από αυτήν. Ένα μεσοοικοσύστημα μπορεί να είναι ένα δάσος, και ένα μακροοικοσύστημα μια ολόκληρη οικοπεριοχή με τη λεκάνη απορροής της.
Οι κύριες απορίες όταν μελετάμε οικοσυστήματα είναι:
- Πώς θα μπορούσε να πραγματοποιηθεί ο εποικισμός μιας άνυδρης περιοχής;
- Ποιά είναι η δυναμική και οι δυνατότητες αλλαγής του οικοσυστήματος;
- Πώς αλληλεπιδρά ένα οικοσύστημα σε τοπική, επαρχιακή και παγκόσμια κλίμακα;
- Η τωρινή του κατάσταση είναι σταθερή;
- Ποιά είναι η αξία ενός οικοσυστήματος; Πώς η αλληλεπίδραση των οικολογικών συστημάτων παρέχει οφέλη στους ανθρώπους, κυρίως με την παροχή καθαρού νερού;
- ως χερσαία οικοσυστήματα, όπως είναι τα δασικά οικοσυστήματα (δασική οικολογία), τα λιβαδικά οικοσυστήματα (λιβάδια, στέπες, σαβάνες), ή τα γεωργικά οικοσυστήματα (γεωργικές εκτάσεις).
- σαν οικοσυστήματα γλυκών νερών όπως είναι τα οικοσυστήματα στάσιμων νερών (λίμνες, λιμνούλες) ή οικοσυστήματα ρεόντων υδάτων (ποτάμια)
- σαν ωκεάνια οικοσυστήματα (θάλασσες, ωκεανοί).

